Chứng từ điện tử theo Thông tư 91/2026/TT-BTC – Những điểm doanh nghiệp không nên bỏ qua

Không chỉ có hóa đơn điện tử, doanh nghiệp còn phải quan tâm đến chứng từ điện tử

Khi nhắc đến chuyển đổi số trong lĩnh vực thuế, phần lớn doanh nghiệp thường chỉ quan tâm đến hóa đơn điện tử. Tuy nhiên, cùng với Nghị định 254/2026/NĐ-CP, Thông tư số 91/2026/TT-BTC đã dành riêng một chương hướng dẫn rất chi tiết về chứng từ điện tử, từ loại chứng từ, nội dung, định dạng dữ liệu đến việc ký số, truyền nhận và lưu trữ.

Đây là những quy định ảnh hưởng trực tiếp đến doanh nghiệp, tổ chức chi trả thu nhập, đơn vị hành chính sự nghiệp, tổ chức thu phí, lệ phí và các đơn vị cung cấp dịch vụ điện tử. Việc hiểu đúng và triển khai đầy đủ sẽ giúp doanh nghiệp đảm bảo giá trị pháp lý của chứng từ, đồng thời đáp ứng yêu cầu kết nối dữ liệu với cơ quan thuế.

Căn cứ pháp lý

• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15.
• Nghị định số 254/2026/NĐ-CP (Chương III – Quy định về chứng từ điện tử).
• Thông tư số 91/2026/TT-BTC hướng dẫn chi tiết về mẫu biểu, định dạng và việc quản lý chứng từ điện tử.

1. Chứng từ điện tử là gì?

Theo Luật Quản lý thuế và Nghị định 254/2026/NĐ-CP, chứng từ điện tử là chứng từ được lập, ký số, gửi, nhận, quản lý và lưu trữ bằng phương tiện điện tử theo đúng định dạng quy định, có giá trị pháp lý tương đương chứng từ giấy khi đáp ứng đầy đủ các điều kiện theo pháp luật.

Khác với hóa đơn điện tử dùng để ghi nhận hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ, chứng từ điện tử được sử dụng trong nhiều nghiệp vụ khác liên quan đến quản lý thuế và nghĩa vụ tài chính.

Thông tư 91/2026/TT-BTC đã chuẩn hóa các loại chứng từ điện tử và hướng dẫn thống nhất về mẫu biểu, dữ liệu và phương thức truyền nhận.

2. Các loại chứng từ điện tử theo Thông tư 91/2026/TT-BTC

Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định nhiều loại chứng từ điện tử, trong đó phổ biến nhất gồm:

• Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân.
• Biên lai điện tử.
• Chứng từ thu thuế, phí và lệ phí.
• Các chứng từ điện tử khác thuộc phạm vi quản lý của cơ quan thuế.

Tùy từng loại chứng từ sẽ có:

• Mẫu biểu riêng.
• Nội dung bắt buộc riêng.
• Định dạng dữ liệu riêng.
• Quy trình lập và truyền nhận riêng.

Doanh nghiệp cần xác định đúng loại chứng từ đang sử dụng để áp dụng đúng quy định.

3. Chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân

Đây là loại chứng từ được rất nhiều doanh nghiệp sử dụng.

Chứng từ khấu trừ thuế điện tử được lập khi:

• Doanh nghiệp khấu trừ thuế TNCN trước khi chi trả thu nhập.
• Cá nhân có nhu cầu chứng minh số thuế đã bị khấu trừ.
• Thực hiện quyết toán thuế.

Theo Thông tư 91/2026/TT-BTC chứng từ khấu trừ thuế điện tử phải bảo đảm:

• Đúng mẫu quy định.
• Có đầy đủ thông tin của đơn vị chi trả và cá nhân.
• Được ký số hợp lệ.
• Được lưu trữ và cung cấp khi người nộp thuế hoặc cơ quan nhà nước có thẩm quyền yêu cầu.

4. Biên lai điện tử

Biên lai điện tử được sử dụng để ghi nhận các khoản thu như:

• Phí.
• Lệ phí.
• Các khoản thu thuộc ngân sách nhà nước.
• Một số khoản thu khác theo quy định.

Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn thống nhất:

• Nội dung biên lai.
• Mẫu dữ liệu.
• Định dạng điện tử.
• Quy trình lập và quản lý.

Đối với các tổ chức thường xuyên phát sinh biên lai điện tử, cần rà soát phần mềm để bảo đảm biểu mẫu và dữ liệu đáp ứng đúng quy định mới.

5. Chứng từ thuế điện tử

Ngoài hóa đơn và chứng từ khấu trừ thuế, Thông tư 91/2026/TT-BTC còn quy định về nhiều loại chứng từ phục vụ công tác quản lý thuế như:

• Chứng từ nộp ngân sách.
• Chứng từ liên quan đến nghĩa vụ thuế.
• Chứng từ phục vụ quản lý thuế điện tử.

Những chứng từ này đóng vai trò quan trọng trong việc đối chiếu dữ liệu giữa doanh nghiệp, tổ chức cung cấp dịch vụ và cơ quan thuế.

Doanh nghiệp cần bảo đảm các chứng từ được lập đầy đủ, đúng định dạng và lưu trữ theo quy định.

6. Định dạng dữ liệu chứng từ điện tử

Một trong những nội dung quan trọng của Thông tư 91/2026/TT-BTC là chuẩn hóa định dạng dữ liệu.

Điều này nhằm:

• Đồng bộ dữ liệu trên phạm vi toàn quốc.
• Kết nối thuận lợi giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế.
• Hỗ trợ truyền nhận tự động.
• Giảm sai sót khi xử lý dữ liệu.

Đối với doanh nghiệp đang sử dụng ERP hoặc phần mềm kế toán tích hợp với hệ thống hóa đơn điện tử, cần kiểm tra xem phần mềm đã cập nhật đúng cấu trúc dữ liệu theo Thông tư 91/2026/TT-BTC hay chưa.

7. Quy định về ký số

Tương tự hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử phải được ký số theo đúng quy định để bảo đảm:

• Tính xác thực.
• Tính toàn vẹn dữ liệu.
• Không bị chỉnh sửa sau khi phát hành.
• Xác định được chủ thể phát hành.

Việc sử dụng chữ ký số hợp lệ là điều kiện để chứng từ điện tử có giá trị pháp lý.

Doanh nghiệp cần kiểm tra:

• Chứng thư số còn hiệu lực.
• Quy trình ký số tự động.
• Tích hợp giữa phần mềm nghiệp vụ và hệ thống ký số.

8. Truyền nhận dữ liệu chứng từ điện tử

Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định cụ thể về:

• Phương thức truyền dữ liệu.
• Kết nối với cơ quan thuế.
• Tiêu chuẩn kỹ thuật.
• Trách nhiệm của tổ chức cung cấp dịch vụ.
• Trách nhiệm của đơn vị lập chứng từ.

Doanh nghiệp cần bảo đảm:

• Dữ liệu được truyền đúng định dạng.
• Đúng thời hạn.
• Không bị lỗi trong quá trình gửi nhận.

Đối với các doanh nghiệp phát sinh số lượng chứng từ lớn, nên kiểm tra thường xuyên nhật ký truyền nhận dữ liệu để kịp thời xử lý nếu có lỗi phát sinh.

9. Lưu trữ chứng từ điện tử

Thông tư 91/2026/TT-BTC tiếp tục khẳng định việc lưu trữ chứng từ điện tử phải đáp ứng các yêu cầu về:

• Tính đầy đủ.
• Tính chính xác.
• Khả năng tra cứu.
• Khả năng phục hồi dữ liệu.
• Bảo đảm an toàn thông tin.

Doanh nghiệp không chỉ lưu file chứng từ mà còn cần lưu toàn bộ dữ liệu liên quan như:

• Chữ ký số.
• Thời điểm phát hành.
• Trạng thái truyền nhận.
• Nhật ký xử lý.

Đây là căn cứ quan trọng khi cơ quan thuế kiểm tra hoặc khi phát sinh tranh chấp.

10. Giá trị pháp lý của chứng từ điện tử

Một trong những băn khoăn phổ biến của doanh nghiệp là liệu chứng từ điện tử có giá trị tương đương chứng từ giấy hay không.

Theo quy định hiện hành, chứng từ điện tử có giá trị pháp lý như chứng từ giấy khi:

• Được lập đúng quy định.
• Có đầy đủ nội dung bắt buộc.
• Được ký số hợp lệ.
• Được lưu trữ theo đúng quy định.
• Đảm bảo khả năng tra cứu và đối chiếu khi cần thiết.

Điều này tạo cơ sở pháp lý để doanh nghiệp thực hiện hoàn toàn bằng phương thức điện tử trong nhiều nghiệp vụ về thuế và tài chính.

Những sai sót doanh nghiệp thường gặp

Trong quá trình triển khai thực tế, nhiều doanh nghiệp vẫn mắc phải các lỗi như:

• Chỉ tập trung cập nhật hóa đơn điện tử mà bỏ quên các loại chứng từ điện tử khác.
• Chứng từ chưa được ký số hoặc ký số không đúng quy trình.
• Phần mềm chưa cập nhật định dạng dữ liệu theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.
• Không lưu đầy đủ dữ liệu và nhật ký truyền nhận.
• Khó tra cứu chứng từ khi cơ quan thuế yêu cầu.
• Chưa đồng bộ dữ liệu giữa phần mềm kế toán, ERP và hệ thống chứng từ điện tử.

Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?

Để đáp ứng quy định mới, doanh nghiệp nên:

• Kiểm tra toàn bộ các loại chứng từ điện tử đang sử dụng.
• Rà soát mẫu biểu theo Thông tư 91/2026/TT-BTC
• Kiểm tra cấu hình chữ ký số.
• Đánh giá khả năng truyền nhận dữ liệu với cơ quan thuế.
• Kiểm tra khả năng lưu trữ, sao lưu và tra cứu chứng từ.
• Cập nhật phần mềm kế toán, ERP và hệ thống hóa đơn điện tử để bảo đảm đồng bộ dữ liệu.

Khuyến nghị từ FTS

Thông tư 91/2026/TT-BTC không chỉ bổ sung quy định về hóa đơn điện tử mà còn hoàn thiện khung pháp lý đối với toàn bộ hệ thống chứng từ điện tử. Vì vậy, doanh nghiệp cần nhìn nhận việc cập nhật không chỉ là thay đổi biểu mẫu mà là rà soát toàn diện quy trình quản lý dữ liệu, ký số, lưu trữ và kết nối với cơ quan thuế.

FTS khuyến nghị các doanh nghiệp đang sử dụng phần mềm kế toán, ERP và hóa đơn điện tử chủ động kiểm tra khả năng đáp ứng đối với chứng từ khấu trừ thuế điện tử, biên lai điện tử, chứng từ thuế điện tử và các chuẩn dữ liệu theo Thông tư 91/2026/TT-BTC, từ đó bảo đảm hệ thống vận hành ổn định, đáp ứng đầy đủ yêu cầu pháp lý và sẵn sàng cho quá trình chuyển đổi số trong quản lý thuế.